Jego ojciec Mikołaj Bobola był dzierżawcą sołectwa strachocińskiego, wchodzącego w skład dóbr królewskich^[1]. W 1606, gdy rozpoczynał studia, zginął jego kuzyn Wojciech Bobola w bitwie pod Moskwą. W latach 1606–1611 studiował w szkole jezuickiej w Braniewie, następnie (31 lipca 1611) wstąpił do tego zakonu i nowicjat odprawił w Wilnie. Mistrzem-spowiednikiem św. Andrzeja Boboli w nowicjacie był ks. Wawrzyniec Bartilius (1569–1635) jezuita, filozof i teolog.
Śluby zakonne złożył 31 lipca 1613. W latach 1613–1616 studiował filozofię na Uniwersytecie Wileńskim; w latach 1618–1622 studiował tam również teologię, nie zdał jednak ostatniego, najważniejszego egzaminu. 12 marca 1622 otrzymał święcenia kapłańskie^[2].
Przez rok był rektorem kościoła w Nieświeżu (1623–1624), gdzie wspólnie z księciem Albrechtem Stanisławem Radziwiłłem dążył do uroczystego uznania w ślubowaniach przez Króla Polski, Matki Bożej Królową Polski, co zostało spełnione we Lwowie 1 kwietnia 1656. W latach 1624–1630 był kaznodzieją i spowiednikiem w kościele św. Kazimierza w Wilnie. Sprawował też funkcje rektora i doradcy prepozyta w tym kościele.
2 czerwca 1630 złożył profesję (ślubowanie) czterech ślubów zakonnych w kościele św. Kazimierza w Wilnie, po czym został superiorem (przełożonym) domu zakonnego w Bobrujsku w latach 1630–1633. Następnie pracował w Płocku (1633–1636) i (1637–1638) jako prefekt kolegium i kaznodzieja, w Warszawie jako kaznodzieja (1636–1637)^[3]. Kolejne cztery lata (1638–1642) spędził w Łomży, będąc doradcą rektora, kaznodzieją i dyrektorem szkoły humanistycznej. W okresie od 1642–1646 przebywał w Pińsku i okolicach prowadząc rozwiniętą działalność ewangelizacyjną, a w latach 1646–1652 ze względów zdrowotnych przebywał w Wilnie, przy kościele św. Kazimierza, głosząc kazania i prowadząc wykłady oraz misje. Wrócił ponownie na ziemię pińską, podejmując szeroko zakrojoną ewangelizację – znany jest jako apostoł Pińszczyzny.
16 maja 1657 w zamęcie konfliktów roznieconych przez powstanie Chmielnickiego dostał się we wsi Mohilno w ręce Kozaków. Torturowany i zamordowany w rzeźni w Janowie Poleskim przez Kozaków, którzy traktowali go jako wroga politycznego z powodu nawracania ruskiej ludności prawosławnej na katolicyzm^[4].

Kult

Figura św. Andrzeja Boboli przed warszawskim sanktuarium

Obraz św. Andrzeja Boboli w kościele śś. Apostołów Piotra i Pawła w Kamiennej Górze

O kanonizację Andrzeja Boboli zabiegał o. Marcin Godebski – rektor kolegium jezuickiego w Pińsku i Aleksander Wyhowski – biskup łucki. 30 października 1853 został beatyfikowany, a 17 kwietnia 1938 kanonizowany przez papieża Piusa XI. 16 maja 1957 Pius XII promulgował encyklikę Invicti athletae Christi w trzechsetną rocznicę jego śmierci.
Zmumifikowane naturalnie zwłoki Boboli przez długie lata otaczane były czcią w kościele parafialnym w Połocku. W 1922 bolszewicy zabrali je jako osobliwość (z racji dobrego stanu mumifikacji) do Gmachu Higienicznego Wystawy Ludowego Komisariatu Zdrowia. W maju 1924 relikwie – jako rodzaj „zapłaty” za pomoc w czasie głodu – przekazano Stolicy Apostolskiej. Od 17 czerwca 1938 znajdują się w Warszawie. 17 kwietnia 1988 złożono je w nowo wybudowanym Sanktuarium św. Andrzeja Boboli przy ul. Rakowieckiej.
Sanktuarium św. Andrzeja znajduje się również w Strachocinie.
Od 16 maja 2002 św. Andrzej Bobola jest drugorzędnym patronem Polski. Jest również patronem m.in. archidiecezji warszawskiej i warmińskiej.
Święto liturgiczne w Kościele katolickim obchodzone jest 16 maja.